杭深高铁建设过程中遇到的主要问题包括：
- 建设进度延误：由于工程量大、复杂度高、施工环境恶劣等原因，杭深高铁建设进度一度受到影响，甚至被认为是“高铁之最”的深广港高铁也因此推迟了开通时间。
- 资金高铁建设需要大量资金投入，但由于各地财政较为困难，建设杭深高铁时也曾面临一定的资金问题。
- 设计不合理：建设杭深高铁时需要考虑地形、气候、环保等因素，如果设计不合理，可能会对列车运行、安全产生影响。
为了解决这些问题，中国铁路、中铁等相关企业和部门采取了一系列措施，优化施工方案、拓宽融资渠道、加强规划设计等，最终保证了杭深高铁的建设顺利进行，并于2019年底正式通车。
