剑灵S3的背景故事发生在游戏世界的第三个时代，也被称为“神灵时代”。在这个时代，人们拥有无限的魔力，但却被神灵所掌控和支配。
在这个时代，出现了一位传说中的英雄——龙神，他带领一支勇者大军与神灵进行了激烈的战斗。最终，勇者们终于战胜了神灵，取回了他们被剥夺的魔力，重建了属于他们自己的世界。
但事情并没有就此结束，龙神为了防止神灵的再次崛起，将自己的魔力和灵魂融合成一把无比强大的剑——神剑，然后他消逝在历史的长河之中。
几千年后，蒙面的恶魔复活了神灵，魔族和人类的战斗再次爆发。而此时神剑重新出现，为寻找可持有这把剑的人类英雄，开始了全新的剑灵冒险之旅。
