合肥学院研究生院目前设有哲学、马克思主义理论、教育学、体育教育训练学、应用心理学、汉语言文学、英语语言文学、数学、物理学、化学、生态学、计算机科学与技术、软件工程、信息与通信工程、机械工程、电气工程、控制科学与工程、材料科学与工程、生物化学与分子生物学、工商管理、旅游管理、会计学、公共管理等22个学科或研究方向的硕士研究生教育。其中，哲学、马克思主义理论、教育学、体育教育训练学、应用心理学、汉语言文学、英语语言文学、数学、物理学、化学、生态学、计算机科学与技术、软件工程等学科或专业均为一级学科或硕士点。
